TOBA787 membawa kegiatan pemetaan ke kawasan danau luas dengan 787 titik pengamatan yang tersebar dari tepian hingga perairan terbuka. Setiap titik menyimpan informasi berbeda seperti kedalaman, bentuk dasar, posisi daratan kecil, serta penanda alam yang dapat digunakan untuk mengenali wilayah.
Pengukuran TOBA787 tidak hanya dilakukan pada bagian tengah danau. Garis tepian ikut dicatat karena teluk sempit, tanjung, bebatuan, dan muara dapat mengubah bentuk peta secara signifikan. Hasil dari beberapa titik berdekatan kemudian dibandingkan untuk membentuk garis wilayah yang lebih akurat.
Perubahan arus menjadi informasi lain yang diperiksa selama ekspedisi TOBA787. Arah pergerakan air pada satu lokasi dapat berbeda dengan titik lainnya, terutama di sekitar celah antardaratan atau area yang menerima aliran dari sungai. Catatan tersebut ditempatkan sebagai lapisan tersendiri agar tidak tercampur dengan data kedalaman.
Setelah sejumlah titik selesai diperiksa, TOBA787 menyatukan hasilnya menjadi lembar pemetaan yang dapat dibandingkan. Bagian yang memiliki perbedaan data akan ditandai untuk pengukuran ulang, sedangkan wilayah dengan catatan konsisten dapat digunakan untuk melengkapi bentuk dan karakter danau.